В настоящее время также изучаются взаимодействия между кишечным, вагинальным и мочевым микробиомами. Менопауза увеличивает разнообразие влагалищного и мочевого микробиома. Повышение pH влагалища, вызванное снижением эстрогена, изменяет вагинальный микробиом, что приводит к снижению уровня Lactobacillus, что  влияет на структуру и функции влагалища, способствуя возникновению урогенитального менопаузального синдрома. Дисбактериоз мочевыводящих путей связан с императивными позывами и недержанием мочи, а также интерстициальным циститом/синдромом боли в мочевом пузыре и нейропатическим мочевым пузырем. Эти заболевания обычно возникают женщин в период менопаузального перехода, что свидетельствует о роли гормонально-индуцированных изменений в микробиоме этих локусов, и определяет направления лечения и профилактики.